學院學科門類齊全，中藥學學科入選國家“雙一流”建設學科，是江蘇高校優勢學科，生藥學二級學科為國家重點學科。現有中藥學一級學科博士點，10個二級學科博士點，10個二級學科碩士點，2個專業學位碩士點，設有中藥學博士後流動站。中藥化學、中藥分析學、中藥生命組學獲批國家中醫藥管理局高水平中醫藥重點學科建設項目。

學院實施研究生教育質量提升工程，研究生培養體系不斷完善。近年來，中藥學各二級學科碩士生/博士生招生規模基本保持穩中有增，總體錄取率、推免生占比（碩博連讀生占比）和來自雙一流高校學生占比較好。中藥學學科注重深化研究生培養機制改革，強化培養過程管理，積極實施研究生教育綜合改革，在江蘇省研究生培養模式改革成果獎，江蘇省研究生教育教學改革研究與實踐課題立項、江蘇省研究生優秀課程和中國學位與研究生教育醫藥學研究生精品課程立項等工作中取得優秀成績，并積極開展研究生優秀課程和全英文課程的立項工作，通過開設國際化公開課，開展 “弘景講壇”、“CPU大講堂”、“藥學名家講座”、江蘇省研究生論壇和實施研究生海外交流項目計劃等多種學術活動形式，研究生培養質量穩步提高。近年來獲得全國優秀博士論文提名1篇，江蘇省優秀博士學位論文數3篇，江蘇省優秀碩士學位論文數5篇，在2013-2018年的教育部和江蘇省學位論文抽檢中，中藥學學科研究生論文全部合格，優秀率也高于同期水平，研究生人才培養質量得到有效保證。